I. Vị trí, chức năng
Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Hậu Giang là đơn vị hạng I, trực thuộc Sở Y tế tỉnh Hậu Giang, có chức năng tham mưu và tổ chức thực hiện các hoạt động chuyên môn, kỹ thuật, nghiệp vụ (gọi tắt là các hoạt động chuyên môn) về phòng, chống dịch, bệnh truyền nhiễm; bệnh không lây nhiễm; phòng, chống tác động của các yếu tố nguy cơ ảnh hưởng tới sức khỏe; quản lý sức khỏe cộng đồng; khám phát hiện, điều trị dự phòng và các dịch vụ y tế khác phù hợp với lĩnh vực chuyên môn trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật.
Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Hậu Giang là đơn vị sự nghiệp y tế công lập, có tư cách pháp nhân, có con dấu và có tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước và các ngân hàng theo quy định của pháp luật. Trụ sở của Trung tâm Kiểm soát bệnh tật tỉnh Hậu Giang đặt tại số 613 đường Trần Hưng Đạo, khu vực 3, phường III, thành phố Vị Thanh, tỉnh Hậu Giang.
III. Tổ chức bộ máy gồm:
Lãnh đạo: 01 Quyền Giám đốc và 02 Phó Giám đốc.
IV. Các Phòng chức năng
1. Phòng Tổ chức - Hành chính.
2. Phòng Kế hoạch - Tài chính.
V. Các Khoa, Phòng chuyên môn
1. Khoa Phòng chống bệnh truyền nhiễm - Ký sinh trùng và Côn trùng.
2. Phòng Khám tư vấn, Điều trị dự phòng và Phòng, chống bệnh không lây nhiễm và dinh dưỡng.
3. Khoa Phòng, chống HIV/AIDS.
4. Khoa Sức khỏe môi trường - Y tế trường học - Bệnh nghề nghiệp.
5. Khoa Truyền thông - Giáo dục sức khỏe.
6. Khoa Dược - Vật tư y tế.
7. Khoa Xét nghiệm - Chẩn đoán hình ảnh - Thăm dò chức năng.